Ολοκληρώθηκε από το Eθνικό Δίκτυο Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2, που λειτουργεί υπό το συντονισμό του ΕΟΔΥ, η γονιδιωματική ανάλυση σε 211 δείγματα που έχουν επιλεγεί τυχαιοποιημένα ή στοχευμένα και αφορούν στην περίοδο 27 Φεβρουαρίου 2022 έως 12 Μαρτίου 2022.
Από τον έλεγχο των 211 δειγμάτων, αναγνωρίστηκαν συνολικά 180 δείγματα με στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος (Variants Of Concern - VOC), όλα στελέχους Omicron (B.1.1.529) (Πίνακας 3). Εκατόν τριάντα οκτώ από τα 180 στελέχη Omicron αφορούσαν στο στέλεχος ΒΑ.2 (77%, ενώ πρίν από δύο εβδομάδες το αντίστοιχο ποσοστό ήταν 24%).
Από την έναρξη λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Γονιδιωματικής Επιτήρησης του ιού SARS-CoV-2 μέχρι σήμερα έχουν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 51.868 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 46.916 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων, 4.211 προέρχονται από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων και για 741 δείγματα δεν είναι διαθέσιμη η πληροφορία σχετικά με τον τρόπο επιλογής.
Κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 12 Μαρτίου 2022, είχαν ελεγχθεί στην επικράτεια συνολικά 6.004 δείγματα από εγχώρια κρούσματα. Εξ αυτών 5.575 προέρχονται από τυχαία επιλογή δειγμάτων και 429 από στοχευμένη λήψη ή επιλογή δειγμάτων.
Μεταξύ των 5.575 τυχαία επιλεγμένων δειγμάτων στην επικράτεια που αφορούν το δίμηνο πριν τις 12 Μαρτίου 2022, τα δύο πιο συχνά στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος που έχουν απομονωθεί είναι το Omicron με ποσοστό 95,2%, ακολουθούμενο από το Delta με ποσοστό 4,8% (Πίνακας 4). Μεταξύ των 429 δειγμάτων που έχουν ληφθεί ή επιλεγεί στοχευμένα κατά τη διάρκεια του διμήνου πριν τις 12 Μαρτίου 2022, 83,7% αφορούν το στέλεχος Omicron και 16,3% στο στέλεχος Delta.
Επιπλέον, έχουν απομονωθεί συνολικά 675 στελέχη ειδικού ενδιαφέροντος ή υπό παρακολούθηση ή ενδιαφέροντος από δείγματα
εισαγόμενων κρουσμάτων, εκ των οποίων 336 αφορούν στο Delta, 205 στο Omicron, 113 στο Alpha, 7 στο Mu, 6 στο Beta, 4 στο B.1.1.318 (Variant E484K), 1 στο Eta, 1 στο C.36, 1 στο Kappa, και 1 στο B.1.1 (Variant E484K).
Η διαχρονική εξέλιξη της σχετικής συχνότητας των αλληλουχηθέντων δειγμάτων από τυχαία δειγματοληψία ανά είδος στελεχών, μέχρι και την εβδομάδα 10 του 2022 απεικονίζεται στο Διάγραμμα 8. Όσον αφορά στα στελέχη αυξημένου ενδιαφέροντος επί του παρόντος στη χώρα, η γεωγραφική κατανομή ανά Περιφερειακή Ενότητα παρουσιάζεται στον πίνακα
Η χαρακτηριστική μετάλλαξη (διαγραφή νουκλεοτιδίων στη θέση 69-70 (del69-70) στο γονίδιο Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529/BA.1) επιτρέπει τον άμεσο, προκαταρτικό χαρακτηρισμό των θετικών δειγμάτων ως πολύ πιθανά κρούσματα για Omicron, από συγκεκριμένα εργαστήρια της χώρας που εφαρμόζουν κατάλληλη μοριακή μεθοδολογία Real-Time PCR. Η αξιολόγηση του συγκεκριμένου μοριακού ευρήματος, επιτρέπει μια προκαταρκτική εκτίμηση σε πραγματικό χρόνο της επίπτωσης της Όμικρον (B.1.1.529/BA.1) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων. Η ακριβής εκτίμηση της επίπτωσης της Όμικρον βέβαια, μπορεί να γίνει μόνον με την αλληλούχιση του πλήρους γονιδιώματος του ιού από αντιπροσωπευτικά θετικά δείγματα (γονιδιωματική επιτήρηση).
Το ποσοστό θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 με αδυναμία ενίσχυσης του γονιδίου S (S-gene-dropout) στο σύνολο των θετικών μοριακών ελέγχων από 5 εργαστήρια* της χώρας για την εβδομάδα ISO 11/2022 ανέρχεται σε 45%.
* 1. Εργαστήριο Κλινικής Ιολογίας Ιατρικής Σχολής Πανεπιστημίου Κρήτης
2. Εργαστήριο Υγιεινής και Επιδημιολογίας Πανεπιστημίου Θεσσαλίας
3. Εργαστήριο Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, ΑΠΘ
4. Κεντρικό Εργαστήριο Δημόσιας Υγείας, ΕΟΔΥ
5. Εργαστήριο Μοριακής Διάγνωσης Λοιμογόνων Παραγόντων, Τμήμα Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Πατρώv
Δείτε επίσης
Στα 1.650 τα κρούσματα κορωνοϊού στην Κρήτη σήμερα
Κορωνοϊός: 22.107 κρούσματα – Στους 344 οι διασωληνωμένοι, 42 νέοι θάνατοι
Νέος θάνατος από κορωνοϊό στην Κρήτη - Τί ανησυχεί τους επιστήμονες
