Ένα απρόβλεπτο αλλά αρκετά συνηθισμένο γεγονός ήταν η αφορμή για να προκληθεί μικρή καθυστέρηση στην τακτική πρωινή πτήση της Aegean από τα Χανιά στην Αθήνα. Η πτήση 331 ξεκίνησε κανονικά από το αεροδρόμιο "Ι. Δασκαλογιάννης" των Χανίων, ωστόσο λίγο μετά την απογείωση, ένα πουλί είχε ... άλλα σχέδια, αφού προσέκρουσε στο αεροσκάφος.
Για λόγους ασφαλείας, ο πιλότος επέστρεψε στο αεροδρόμιο των Χανίων προκειμένου να γίνει ο απαραίτητος τεχνικός έλεγχος, ενώ οι επιβάτες προωθήθηκαν στον τελικό προορισμό τους αμέσως μετά, με άλλο αεροπλάνο της Aegean.