Την Παρασκευή 29/9/2023 πραγματοποιήθηκε από την Υπουργό Πολιτισμού και Αθλητισμού κα. Λίνα Μενδώνη, η επίσημη απονομή του σήματος «Αναγνωρισμένο Μουσείο» στο Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη.
Η τελετή απονομής πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο της 3ης Ενημερωτικής Συνάντησης για την Αναγνώριση και Πιστοποίηση των Ελληνικών Μουσείων με τίτλο “Συμπεριληπτικά, ελκυστικά και βιώσιμα μουσεία” που έλαβε χώρα στην Εθνική Πινακοθήκη – Μουσείο Αλεξάνδρου Σούτσου.
Η απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού για τον χαρακτηρισμό του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη ως «Αναγνωρισμένο Μουσείο» είχε ανακοινωθεί το καλοκαίρι του 2022 και ήταν η επιτυχής κατάληξη μιας μακράς, δύσκολης αλλά και εποικοδομητικής πορείας που ξεκίνησε πριν πέντε χρόνια με το συντονισμό της τέως Διευθύντριας του Μουσείου, κας Βαρβάρας Τσάκα.
Με την απόφαση απονομής του σήματος «Αναγνωρισμένο Μουσείο», το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη έγινε το πρώτο μουσείο της Κρήτης και μόλις το 10ο στην Ελλάδα που έλαβε αυτό τον τίτλο. Έτσι, πιστοποιήθηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού πως το Μουσείο ανταποκρίνεται σε συγκεκριμένες ποιοτικές προδιαγραφές, πως αποδεδειγμένα εφαρμόζει καλές πρακτικές σε όλους τους τομείς λειτουργίας του και πως πληροί σε υψηλό βαθμό τα απαιτητικά κριτήρια αναγνώρισης ενός Μουσείου (νομική μορφή, οργάνωση σε επαγγελματικά και επιστημονικά πρότυπα, διαφύλαξη πολιτιστικής κληρονομιάς, οικονομική λειτουργία, ποιότητα ανθρώπινου δυναμικού, εκπλήρωση εκπαιδευτικού και κοινωνικού ρόλου, ανάπτυξη συνεργασιών, και στοχοπροσήλωση). 
Στην τελετή απονομής του Σήματος από την Υπουργό Πολιτισμού μίλησαν για την εμπειρία της Αναγνώρισης εκπρόσωποι των τεσσάρων φορέων στους οποίους απονεμήθηκαν τα σήματα των «Αναγνωρισμένων Μουσείων» η κα. Αλεξάνδρα Ράπτη, Διευθύντρια Πολιτιστικού Ιδρύματος Ομίλου Πειραιώς (ΠΙΟΠ), η κα. Άννυ Ψάρρα, Αντιπρόεδρος Δ.Σ. Δημοτικής Πινακοθήκης Λάρισας – Μουσείο Γ.Ι. Κατσίγρα, ο Καθ. Μιχαήλ Ταρουδάκης, Πρόεδρος Ιδρύματος «Μουσείο Ν.Καζαντζάκη» και η κα. Τατιάνα Αβέρωφ-Ιωάννου, Πρόεδρος Ιδρύματος Ε.Αβέρωφ-Τοσίτσα.
Κατά την ομιλία του στην εκδήλωση, στην οποία παρευρέθηκε και η Διευθύντρια του Μουσείου, κα. Μαριλένα Μηλαθιανάκη, ο πρόεδρος του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη τόνισε χαρακτηριστικά: «Η αναγνώριση του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη από το Υπουργείο Πολιτισμού αποτελεί μια σημαντική επιβράβευση της εργώδους προσπάθειας των στελεχών του που με δύσκολες συνθήκες προσπαθούν να διατηρήσουν το πνεύμα και το έργο του Νίκου Καζαντζάκη προσβάσιμο σε όλη την κοινωνία. Η αναγνώριση ήρθε μετά από μια απαιτητική αλλά και πολλαπλά ωφέλιμη διαδικασία αξιολόγησης η οποία ξεκίνησε το 2018 και ολοκληρώθηκε τον περασμένο χρόνο, παραμονή του εορτασμού των σαράντα χρόνων από την ίδρυση του Μουσείου που γιορτάζουμε φέτος». 
Η Αναγνώριση του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη συνδέεται στενά με την ανάπτυξη των δραστηριοτήτων του και τις δράσεις εξωστρέφειας που πραγματοποιήθηκαν την τελευταία δεκαετία και δεν θα μπορούσε να είχε επιτευχθεί χωρίς τη διαχρονική υποστήριξη του Μεγάλου Χορηγού του Μουσείου Καζαντζάκη, κου Βαγγέλη Μαρινάκη.
